在整体组织或器官层面开展蛋白质组学研究能够获取复杂的生物功能信息。然而,组织往往由分布在不同解剖区域、具有明显异质性的大量细胞构成。传统的蛋白质组分析方法会不可避免地产生平均化效应,伴随大量空间信息的损失。随着单细胞组学技术的快速发展,研究人员可以在单细胞水平上探究遗传学、转录组学、表观遗传学和蛋白质组学,但单细胞技术在剥离细胞于其原生环境的过程中也牺牲了关键的空间信息,这使得解析组织异质性等问题变得困难。
因此,空间组学应运而生,精准识别不同区域位置,解析组织细胞的多样性。2022年,空间多组学被《Nature》评为七项最值得关注的技术之一。空间转录组学技术使我们能够从基因表达层面揭示不同组织和细胞的基因表达差异。然而,转录与蛋白质之间的相关性往往较低,而蛋白质是细胞功能的实际执行者。在靶组织的空间异质性分布中,精确量化这种空间不均匀性至关重要,可以帮助揭示治疗结果的机制,为直接治疗和工程干预提供理论支持。因此,开展单细胞或单细胞核分辨率的空间蛋白质组学分析显得尤为重要。
最近,空间蛋白质组学(spatial proteomics)被《Nature Methods》评选为2024年度技术,彰显了其在揭示生物复杂性、推进精准医学和癌症研究中的重要作用。尊龙凯时旗下的明星产品FAXP™(Filter-aided expansion proteomics, FAXP)结合了基于水凝胶的组织膨胀、滤膜辅助的样本制备流程和高分辨率的Orbitrap Astral质谱,使得研究者能够在组织水平上进行单细胞及亚细胞器分辨率的空间蛋白质表达分析。
福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织是病理组织存储和分析的黄金标准,全球数以亿计的FFPE样本被保存于生物样本库中。增强对FFPE样本的检测和分析能力将极大地扩展空间组学技术在临床中的应用范围。尊龙凯时的FAXP™提供了一套适用于临床FFPE样本空间蛋白质组学分析的稳健工作流程。其自动化样品处理的体积分辨率提高了145倍,分析速度提升了约一倍,蛋白质鉴定数量也增加了255%。
在产品特征方面,尊龙凯时的FAXP™在均一性方面表现突出,其优化后的水凝胶能够有效评估组织膨胀的影响。在微观和宏观层面进行的定量分析显示,FFPE样本在膨胀过程中展现了优秀的一致性。此外,采用in-tip消化技术,FAXP™在DDA和DIA模式下均能显著优于传统的胶内酶解技术,尤其在处理体积小于3054nL的组织样本中更为明显。
通过引入更高效的样本处理流程,FAXP™整体处理时间相比ProteomEx节省了53%。该技术的高通量和高分辨率特性,使其在FFPE样本的单细胞和亚细胞器空间蛋白质组学分析中占据了重要地位。尊龙凯时目前已推出FAXP™科研服务和商业化试剂盒,帮助广大的科研人员进行更高分辨率的空间蛋白组学分析。如果您对此感兴趣,欢迎随时咨询。