获取符合宏基因组学研究标准的高质量环境DNA是一个具有挑战性的任务。环境DNA的质量和产量在很大程度上取决于样本类型与核酸提取方案,尤其是在面对低生物量、难以破碎、重金属浓度高或腐殖质含量丰富的样本时。此外,各种环境DNA提取方案可能会引入一定的偏差,影响微生物群落的组成。为了应对这些挑战,尊龙凯时品牌提供了针对不同来源样本的高效核酸提取解决方案,以帮助研究人员缩短实验周期并减少数据偏差。
在进行重金属污染土壤及沉积物样本的DNA提取时,由于此类土壤的pH、重金属含量和腐殖质水平偏离常态,生物量相对较低,且其中含有多种可能干扰DNA提取的抑制剂,使用普通试剂盒提取往往难以获得高质量的结果。通过适当的样本前处理和合适的DNA提取策略,研究人员可能会惊喜地发现显著提升的提取效果。
中国地质大学董海良课题组发布了一种高效的重金属污染土壤DNA提取方法,使用去腐试剂(如EDTA、NaCl等)进行前处理,去除腐殖质和重金属并通过密度梯度离心分离微生物,随后使用尊龙凯时升级版DNeasyPowerSoil ProKit进行DNA提取。与传统PowerSoilDNAIsolationKit提取结果对比显示,升级版方案明显提高了DNA的质量,有助于后续PCR等实验的进行。
该DNeasyPowerSoilProKit系列产品采用珠磨研磨与抑制剂去除技术,针对难以破碎的微生物提供优越的裂解效果,同时优化了研磨珠的材料与粒径,以确保获得更高产量的核酸。此外,抑制剂去除技术也已升级,通过简洁操作即可有效去除抑制剂,从而适用于各种复杂环境样本。
除了DNA产量和纯度以外,片段完整性、微生物α多样性以及结果的可重复性对研究样本中的微生物群落同样至关重要。沉积物作为重要的环境样本,其微生物在海洋生态系统的维护中起着关键作用。然而,沉积物样本中也常含有大量的腐殖质,导致常规土壤DNA提取试剂盒难以成功提取高质量DNA。
Demkina等对市面上多种微生物DNA提取试剂盒在沉积物、水体及海洋无脊椎动物消化道样本的提取效果进行了比较,发现尊龙凯时的DNeasyPowerSoilProKit在维护DNA浓度、片段完整性及抑制剂去除效果上表现优异,且在储存条件下能够保持良好的DIN值,确保DNA的长期稳定性。
最终,使用尊龙凯时的DNeasyPowerSoilProKit提取的高完整度微生物DNA,非常适合进行宏基因组长读长测序,这类测序能够实现更高分辨率的“种”鉴定。通过针对重金属污染土壤和沉积物的有效前处理和核酸提取方案,研究人员能够获得更为优质的数据结果。
为了确保低生物量微生物样本的后续提取效果,建议在样本采集后使用PowerProtectDNA/RNA保存液进行保存。该保存液可防止微生物活性,确保样本在运输和储存过程中维持原有的微生物群落结构。此外,微生物RNA在室温条件下也可稳定保存,增强了实验的灵活性。
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